本院在1980年草創之初神經科是附屬於內科部。1991年7 月神經科正式從內科部中獨立出來。1992 年1月神經科通過神經學會之評鑑，正式成為神經科專科醫師訓練中心。2000年6月1日起晉升為神經部。目前神經部共有 18 位專任主治醫師及 14 位住院醫師。
神經部專科病房在急重症大樓 11 樓， 有一般病房47床，24 小時腦波監測病房 2 床，同樓層並設有神經科加護病房 10 床。神經檢查室位於第二醫療大樓二樓及急重症大樓 11 樓各一處，包括腦波室、神經電生理檢查室、腦血管超音波室、認知功能檢查室和自主神經功能檢查室。
神經精神醫學實驗室位於癌症中心大樓 8 樓，主要研究方向為幹細胞移植技術。神經醫學研究實驗室位於復健大樓 11 樓，主要研究方向為巴金森病與動作障礙疾病之電氣生理機轉。
實驗室除了進行學術研究外，更強調臨床方面的應用。我們與神經外科合作使用腦部深層刺激術 (Deep Brain Stimulation，DBS)，治療巴金森氏病。最近,更與神經外科及醫學影像部合作引入神波刀 (MR-guided focused ultrasound)，治療原發性顫抖症。
此外，我們積極推動學術研究之整合及拓展國內外學術交流，成效卓著，包含多項基礎及臨床合作研究如巴金森病基因檢查、以皮質動作準備電位探討動作障礙病人的動作控制、以穿顱磁刺激治療及研究神經精神疾病與耳鳴等，研究成果均獲得臨床應用之肯定。
願景
本部在運動障礙方面之醫療與研究，是全國少數具有國際水準之醫療團隊。未來，神經部將朝成立腦血管科、癲癇科、動作與認知障礙科、週邊神經肌肉科等次專科方向邁進。期能為進入人口老化的台灣社會做出更大的貢獻。
使命
為病患提供高品質的醫療照護，對醫學生提供優良的臨床教學，為新進住院醫師提供完整的臨床訓練，並投入臨床研究與新藥及技術的研發。