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本院已成立全方位的癌症中心，整合全院各級資源，提供癌症患者身心靈完善的醫療及衛教服務，獲衛生署評選為「卓越癌症中心」。對於許多癌症的治療，外科切除不可或缺，在外科同仁的努力下，治療人數幾乎都是中台灣之冠，術後存活率更與國際先進的醫學中心並駕齊驅。

其中，大腸直腸外科及胸腔外科專注於微創手術，如今已臻成熟，大部分接受治療的病患都能快速恢復，重回正常的生活軌道。

微創手術是一種主要透過內窺鏡及各種顯像技術，而使外科醫師在無需對患者造成巨大傷口的情況下施行手術 。微創手術歸納分成三類：一如醫師常用的內視鏡或改良工具，二是搭配導航系統的科技輔助，三是以改變技巧來減少對組織的傷害。

外科部〈微創手術中心〉完整的結合了胸腔、心臟、肝膽腸胃、大腸直腸外科、婦產科、耳鼻喉科及泌尿科，運用新式的內視鏡整合系統及各式尖端儀器進行微創手術。目前已執行多項內視鏡擷取血管手術、心臟不停脈冠狀動脈繞道手術、腹腔鏡切除、減重手術、大腸直腸癌手術、肺癌手術、以及攝護腺手術和婦科手術等。

我們的器官移植團隊，雖受限於國內器官捐贈風氣不振而無法大幅擴展，但活體肝臟移植在器官移植中心鄭隆賓院長的領導下，每年器官移植的人數屢創新高，在合作無間的團隊照顧下，整體成績優異，廣受病人信賴與國際推崇。

我們的整形外科日益精緻，服務領域涵蓋嚴重顏面外傷、燒燙傷、頭頸癌術後重建、乳癌術後重建及各種美容重建手術。服務團隊專業熱誠細心，是民眾整形的首選標的。

我們的整形重建外科成績獨步享譽國際，對高難度的顯微重建醫療迭創新猷。例如以自體腸道重建發聲器（咽喉）、以大腸重建陰道、以盲腸重建子宮頸、和許多器官（食道、輸尿管和尿道）的重建和肢體重建以及頭頸部顯微重建和淋巴組織重建等顯微手術。

本院顯微重建外科陳宏基院長前後訓練近 50 幾位外籍醫師分別來自美、英、義大利、比利時、巴西、日本、香港、新加坡以及韓國，深受國際尊崇。