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微生物組包涵細菌室及病毒室二科室，細菌室工作內容包涵一般嗜氧及厭氧細菌培養與鑑定、藥物敏感性試驗、血液培養、黴菌培養、結核菌培養、與環境監測等；而病毒室的工作內容包括病毒培養、病毒抗原快速檢查。
除了傳統細菌及病毒培養外，本組亦提供微生物抗原及分子生物快速檢驗的服務，能於一天內提供醫師病原菌檢測結果幫助醫師及時診斷與治療。

1.為維持細菌培養結果的檢驗品質，醫檢師均受過良好的教育訓練，並定期接受能力試驗的考核。細菌鑑定部分已由自動化微生物鑑定系統，如：Bruker MALDI Biotyper及BD Pheonix取代傳統生化鑑定法，可以更快速精準的發出報告提供臨床診斷。
2.本組建立了完善的作業標準書與品質指標，定期執行文件的審核與更新，此外定期執行品質指標的監控與檢討，維持與監控本組的服務（時效）、業務（工作量）及作業（培養分離率、污染率或其他）等標準化的作業品質。
3.創立”智速檢”平台，利用人工智慧(AI)快速精準預測抗藥性菌株，並即時以簡訊通知醫師，達到提早治療降低死亡率。

1. 各類細菌染色：革蘭氏染色、抗酸性染色、印度墨染色、黴菌染色

2. 需氧細菌培養鑑定

3. 血液培養鑑定

4. 厭氧細菌鑑定

5. 抗酸菌鑑定

6. 各類培養之藥物敏感性試驗

7. 黴菌培養鑑定

8. 其他特殊培養：例如水中退伍軍人桿菌之培養等。

9. 快速抗原試驗：腦膜炎菌抗原試驗、新型隱球菌抗原試驗、Legionella pneumophila尿液抗原試驗 、Stretococcus pneumoniae尿液抗原試驗、Helicobacter pylori抗原試驗、困難梭狀桿菌抗原及毒素快速檢驗及輪狀病毒檢查。

10. 分子生物快速檢驗：結核菌及抗藥性基因檢驗、敗血症病原體套組快速分生檢驗、腸胃道及下呼吸道病原體套組快速分生檢驗。

11. 細胞產品內毒素檢測、無菌試驗及黴漿菌檢測。